该庙是在清乾隆四年（1739年），由台湾道巡道鄂善所建立，就设在台湾府大西门外面南河港的河道右侧、安澜桥的旁边。当时的风神庙是一栋四进的建筑，其第一进是大门，第二进是官厅，第三进便是风神殿，而第四进是大士殿。是在把原设在赤崁街大井头的接官亭移到此处后兴建，以保佑往来舟楫的行旅安全。 而在这之后台湾府知府蒋允焄于清乾隆三十年（1765年）对风神庙进行了第一次的整修，而清乾隆四十二年（1777年）时的知府蒋元枢则又再次进行整修。这一次除了对原有建筑整修之外，蒋元枢还在庙的东侧建置公馆以让来台的官员暂居，并建设石坊以光大这座进出台湾的门扉[1]。