南京大学校史博物馆及数字化校史博物馆，自1999年5月开始筹建，在校领导及全校广大师生、海内外校友、中国工商银行江苏分行营业部、中国对外建设总公司、北海银河高科技股份有限公司等单位的大力支持下，终于在南京大学百年校庆之际开馆了。 三年来，校档案馆及各有关单位的同志，先后分赴全国各地及港澳台地区，向海内外校友征集了近5000件史料、实物及照片。并到中央电视台、江苏电视台及校内教育技术中心，转录了200多项重大活动和知名校友业绩介绍的录象，大大丰富了档案馆馆藏。 校史博物馆建在南京大学老图书馆（原金陵大学图书馆）内，使用面积1400平方米，展区面积约1000平方米。原中央大学校长、百岁老人顾毓琇为校史博物馆题写了馆名。校史博物馆分“百年校史”、“今日南大”、“百年英才”、“多媒体演示”及“礼品厅”等五个展区。 上述五个展区，分别展出了南京大学历史上不同时期形成的1600多幅照片、700多件史料、实物、模型，近百部录像及海内外校友为南大百年庆典捐赠的礼品和题字200多件。